A Educação Infantil, como primeira etapa da Educação Básica, busca oferecer situações didáticas e vivências que contribuam para o desenvolvimento integral da criança. Por meio da abordagem investigativa e do desenvolvimento de projetos, as crianças são instigadas a mobilizar conhecimentos prévios e a envolver-se ativamente em sua própria aprendizagem, aprendendo a aprender, mesmo que ainda não tenham consciência desse fato.

No Ensino Fundamental I, a abordagem investigativa, a resolução de problemas e o desenvolvimento de projetos contribuem para mobilizar as crianças para novos conhecimentos, para a aprendizagem com compreensão e para a integração dos diferentes componentes curriculares. Elas aprendem a trabalhar de modo cooperativo, a socializar suas descobertas e a analisar as realizadas pelos colegas. Nessa fase, elas aprendem a aprender. 

Nesse segmento, a proposta de ensino para os estudantes do 6.º ao 9.º, com idade entre 11 e 14 anos, busca estimular o hábito de estudo, bem como o desenvolvimento da argumentação e a defesa de ideias, por meio de diversos projetos que ampliam as descobertas dos alunos.

O Ensino Médio no Bom Jesus busca preparar os alunos para o domínio de conteúdo e a segurança de que precisam nessa fase de intensos desafios, por meio de diversos projetos e de aulas especiais.