A organização didático-pedagógica dos cursos de graduação é concebida em consonância com a missão da Universidade São Francisco e tem como objetivo o desenvolvimento de uma educação de qualidade, na qual o processo de ensino-aprendizagem leve o aluno à autonomia do conhecimento e à formação da cidadania.
A USF está em busca contínua da excelência no ensino visando ao aperfeiçoamento do trabalho educacional com a articulação entre propósitos e execução dos planos institucionais e os resultados da avaliação institucional, tanto interna quanto externamente. Isso exige um movimento sistêmico de acompanhamento e devolutivas, que possibilita, de forma integrada e ininterrupta, a orientação do processo decisório na gestão institucional, a melhoria da qualidade das ações praticadas e o fortalecimento da imagem e da identidade da instituição.
A gestão integrada das ações e políticas acadêmicas, comunitárias e administrativas promove o incentivo para a formação continuada do corpo docente e técnico-administrativo, bem como a adequação da infraestrutura física.