Pode-se dizer que a história da Casa de Nossa Senhora da Paz – Ação Social Franciscana teve início em 1182 com o nascimento de Francisco de Assis. Ele, filho de um rico comerciante de tecidos, deixou de lado seus bens por amor ao próximo, tornando-se a fonte inspiradora dos ideais franciscanos.
Mas é em 1945 que a Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil, da Ordem dos Frades Menores, funda oficialmente a CNSP-ASF, para proporcionar educação e assistência aos moradores carentes do bairro Ipanema, na cidade do Rio de Janeiro.
Três anos depois, a CNSP-ASF é reconhecida como instituição de utilidade pública, sendo, em 1965, certificada como entidade beneficente de assistência social.
No ano de 1976, a sede da CNSP-ASF é transferida para Bragança Paulista, em São Paulo, passando a assumir a gestão do então Instituto de Ensino Superior da Região Bragantina. É a partir desse momento que a instituição consolida seu trabalho com Ensino Superior, propiciando que, em 1985, as Faculdades Franciscanas, por meio de uma portaria ministerial, passassem a ser reconhecidas como Universidade São Francisco (USF).
As Faculdades Franciscanas, por força da Portaria Ministerial n° 821, de 24/10/1985, passam a ser reconhecidas como Universidade São Francisco (USF).
O campus São Paulo é transferido das imediações do Largo de Santa Cecília para um edifício especialmente construído para abrigá-lo, no bairro Pari.
A USF inaugura o Campus Campinas, no Distrito Barão Geraldo.
A USF passa por uma reestruturação para melhorar a prática da sua missão: aprova os novos projetos de Desenvolvimento Institucional e Político-Pedagógico Institucional, cria a Unidade e Pesquisas e muda a localização do campus Campinas para o bairro Swift.
A USF inaugura sua política Social de Inclusão no Ensino Superior e de concessão de bolsas e benefícios. Também adere ao programa PROUNI e firma outros convênios de promoção da inclusão social.
A USF passa a contribuir significativamente para a consolidação do segmento das universidades comunitárias, renova sua política de pesquisa e cria uma política para extensão.
A USF recebe a visita do Ministério da Educação para reconhecimento e obtém a nota 4 da Comissão de Avaliação. Em novembro, ocorre o Capítulo Privencial da Ordem Franciscana que designa o primeiro reitor leigo na história da universidade.
Toma posse a nova reitoria, sendo o reitor o Prof. Héctor Edmundo Huanay Escobar e vice reitor o Prof. Joel Alves de Souza Junior , ambos não são frades. O antigo reitor da USF o Frei Gilberto Gonçalves Garcia é nomeado Conselheiro da Câmara de Educação Superior do Conselho Nacional da Educação.
O campus Campinas implanta mais uma unidade, no bairro Cambuí. Em São paulo o campus é transferido para o bairro Freguesia do Ó. O prédio, nesse novo endereço, é reformado para abrigar toda a estrutura dos cursos, além da construção da Capela Santa Maria dos Anjos.
A CNSP-ASF passa a ser presidida pelo Frei Raimundo Justiniano Oliveira Castro em substituição ao Frei José Antônio Cruz Duarte, que assumiu funções na cúria-geral da Ordem dos Frades Menores, em Roma. O Hospital Universitário São Francisco (HUSF), que anteriormente pertencia à CNSP-ASF, passa para os Freis Franciscanos da Associação Lar São Francisco de Assis na Providência de Deus, entidade filantrópica sem fins lucrativos. Também nesse ano, a USF ampliou em 3 mil m2 suas instalações no Swift, em Campinas, em função do aumento na oferta de cursos de graduação e pós-graduação da unidade.
O campus Bragança Paulista realiza a aula inaugural do primeiro curso de graduação a distância da USF. Com anúncio feito pelo ministro provincial da Província Franciscana da Imaculada Conceição do Brasil e chanceler da Universidade, Frei Fidêncio Vanboemmel, o reitor da Universidade São Francisco, Héctor Edmundo Huanay Escobar, foi reconduzido ao cargo para a gestão 2014-2018. Na ocasião, o Frei Raimundo Justiniano de Oliveira Castro também foi reconduzido como diretor-Presidente da Casa de Nossa Senhora da Paz – Ação Social Franciscana até 2017. Ainda este ano, toma posse como Presidente do Conselho Nacional de Educação (CNE), eleito por unanimidade para o biênio 2014/2016, Frei Gilberto Gonçalves Garcia, ex-reitor da Universidade São Francisco.
